Przypadki CDI zdefiniowano jako pierwszą próbkę C. difficile pozytywną dla hodowli od każdego pacjenta z pozytywnym wynikiem na obecność cytotoksyn, plus próbki powtórzeń z dodatnimi hodowlami> 10 SNV różniące się od wszystkich wcześniejszych próbek (bardzo mało prawdopodobne, aby wystąpiły w wyniku mutacji podczas badania). W każdym przypadku zebrano dane dotyczące płci; wiek; wszystkie epizody hospitalizacji w ciągu 6 miesięcy przed i po każdej próbie, w tym wszystkie pobyty w oddziale, codzienne zabiegi, dializa i chemioterapia; czas między pobieraniem kału a izolacją źródła; dzielnica kodów pocztowych; ogólna lokalizacja praktyki; wskaźniki ciężkości w momencie rozpoznania (podsumowane jako wskaźnik nasilenia 0-3, po jednym punkcie dla wieku> 65 lat, szczytowa kreatynina> 176μmol / L, a liczba białych krwinek obwodowych> 20000 komórek / μL); nawrót (występujący w ciągu następnych 120 dni); i 30-dniowa śmiertelność z całego świata. Nawracającą infekcję zdefiniowano jako powtórzoną próbkę z dodatnim wynikiem dla cytotoksyny> 14 dni po pierwszej pozytywnej próbce (nie było wiarygodnych informacji o rozkładzie objawów między próbkami). Zastosowano definicje konsensusu dla powiązanych z społecznością (CA), nieokreślonych (I), powiązanych ze społecznością placówek opieki zdrowotnej (CO-HCFA) i związanych z zakładami szpitalnymi (HO-HCFA) CDI.
Dla każdego nowego zsekwencjonowanego przypadku (n = 640) rozważaliśmy wszystkie dotychczasowe szczepy przypadków (w tym powtarzające się pozytywne u osób) jako potencjalne źródła transmisji. Korzystając z szybkości ewolucji C. difficile i różnorodności wewnątrz gospodarza, bezpośrednią transmisję uznano za prawdopodobną, gdy wcześniejszy izolator dawcy mieścił się w zakresie 0-2 SNV biorcy. Przypadki od 3 do 10 SNV prawdopodobnie miały wspólne źródło w ciągu ostatnich 5 lat, ale bezpośrednia transmisja była mało prawdopodobna. Przypadki> 10 SNV ze wszystkich wcześniejszych przypadków uznano za genetycznie różne i jest mało prawdopodobne, aby w trakcie badania miały one wspólne źródło z innym przypadkiem.
[patrz też: gastromed garwolin, hipoglikemia noworodka, gastrolog garwolin ]